Conformément à la circulaire du Premier Ministre n°17/2009 du 21 Octobre 2009, le programme e-gouvernement a été doté d'une gouvernance reposant sur trois structures :

 Le Comité Interministériel e-gouvernement par abréviation CIGOV, présidé par le Ministre en charge de l’Industrie, du Commerce et des Nouvelles Technologies. Ce comité  est chargé de fixer le cap et d’évaluer l’atteinte des objectifs du programme e-gouvernement ;

 Les Structures de Pilotage e-gouvernement (SPGOV) des départements ministériels et des établissements publics concernés par les projets e-gouvernement. Il s’agit de structures chargées de piloter la mise en œuvre des projets e-gouvernement au sein de leurs organisations ;

 La Direction de Pilotage du programme e-gouvernement (DPGOV), rattachée au CIGOV. Cette structure composée d’expertises internes et externes,  sera en charge d’assister le CIGOV et les SPGOV, à la mise en œuvre  du programme e-gouvernement.